Orphelin élevé par l'abbé Baudoin, Andrea de Saint-Loup est devenu un apothicaire renommé qui emploie toutes ses forces à donner un sens logique aux événements irrationnels qui l'entourent. L'inquisition s'intéresse de près à lui et souhaite le questionner sur petite pièce vide récemment découverte chez lui et dont il n'avait jamais soupçonné l'existence. Ses émissaires menacent des tortures les plus raffinées Juan Hernandez Manau, un lettré auquel Andrea a récemment rendu visite et qui appartient à la société énigmatique Schola Gnosticos. Andrea demande la protection de l'Abbé Baudoin pour deux amies prostituées alors que le Pape prévoit de regrouper des filles de joie dans des sortes de maisons closes supervisées par l'église. Il est obligé de fuir en découvrant que la police a mis le feu à sa maison et tué ses valets...