Yôko vit dans le souvenir de son seul amour, qui lui a donné sa fille Sôko. L'homme est parti avant de savoir qu'il allait être père, mais en affirmant qu'il reviendrait et la retrouverait où qu'elle soit.
Depuis, Yôko change de ville tous les ans, comme dans un jeu de cache-cache avec cet homme supposé être à sa recherche. C'est ainsi qu'elle vit «?dans la barque de Dieu?», remettant volontairement son destin entre les mains du hasard.
Ce roman élégant et subtil alterne les voix de Yôko et de sa fille, comme deux visions décalées d'une même réalité?: l'une, Sôko, qui découvre en même temps que la liberté les mensonges et l'irréductible étrangeté de sa mère?; l'autre, Yôko, qui ne s'est jamais laissé apprivoiser par personne, si ce n'est par ce fugitif amour.
«?Dans la barque de Dieu est un moment suspendu de la littérature, un moment rare?» (La Cause littéraire).